Die Heimordnung fordert von den Bewohnerinnen große Selbstdisziplin. Die Kleidung muss schlicht sein; sich »herauszuputzen« ist verboten. Die Frauen und Mädchen dürfen weder rauchen noch Alkohol trinken oder sich in Lokalen aufhalten. Damit will Bertha Pappenheim verhindern, dass sie erneut in ein durch Alkohol und Prostitution belastetes Milieu abgleiten. Die Kinder – oft aus zerrütteten sozialen Verhältnissen und verwahrlost – lernen, feste Regeln des Zusammenlebens zu beachten. Auch die kleinen Heimbewohnerinnen haben Pflichten im Haushalt. Streng in ihrer Forderung nach Einhaltung der Heimordnung, achtet Bertha Pappenheim gleichzeitig auf liebevolle Zuwendung und Förderung für jedes einzelne Kind. Wöchentlicher Höhepunkt des »Familienlebens« im Heim ist die Schabbat-Feier am Freitagabend.

Grethe Bloch-Nahalal, die 1922 als Praktikantin in »Isenburg« war, beschreibt die Erziehung und die Atmosphäre im Heim:

»Was aber habe ich nun wirklich gelernt? [...] Der Gedanke, dass es keine Arbeit gab, die besser oder schlechter, wichtiger oder unwichtiger sei, sondern dass jeder an seinem Platze die ihm zugeteilte Arbeit tut, und dass erst dadurch das Schaffen eines Werkes möglich ist, kam mir in Isenburg klar zum Bewusstsein. Der Glaube, dass in jedem Kind und in jedem Menschen trotz schwieriger Veranlagung das Gute zu wecken möglich sei, lebte fest in Fräulein Pappenheim. Die jüdische Atmosphäre des Heims [...] bereicherte Fräulein Pappenheim dadurch, dass sie aus ihrem großen Schatz von Wissen und mit ihrem besonderen Erzählertalent alle Freitagabende und alle Festabende durch Erzählungen, durch Erklärungen den Kleinen und Großen verständlich machte und nahe brachte. Jeder Freitagabend war ein Fest, auf den sich das ganze Heim freute.«